李剑农平素对蔡锷推崇备至，为纪念蔡将军再造共和的丰功伟绩，1941年，特与邵阳地区专员岳森（蔡锷将军原部下）和石陶钧、刘达武等发起编印《蔡松坡先生遗集》，并亲为作序。在序言中，除了对蔡锷在辛亥革命和护国战争中英勇奋战、粉碎袁世凯复辟帝制阴谋，以及再造共和的丰功伟绩作了充分肯定外，还对蔡锷的清廉自持、一心为国的品德予以高度赞扬，认为“盖棺后室家萧然无长物，尤足为当世军人楷模”。1943年12月，又与岳森、石醉六等发起筹建松坡图书馆，并将自己从武汉带回的图书大部捐出，该馆于1946年6月9日正式建成开放（成为当时湖南三大图书馆之一）。

1940年夏到1945年冬，李剑农一直执教于蓝田(后迁溆浦)国立师范学院。1946年借聘于湖南大学。次年回武汉大学执教。解放战争时期，李剑农十分痛恨国民党的腐败，淮海战役后，他就断言“蒋党必亡，共党必胜”。解放战争后期，白崇禧从武汉率军入湘，妄图继续挣扎。程潜准备起义，唐生智组织“湖南自救会”，反对白崇禧入湘，李剑农也加入了这一斗争，为湖南和平解放做了一些有益的工作。1949年，他回到邵阳，参与了湖南自救运动。也正由于此，解放后，1950年李剑农被聘为中南军政委员会顾问。1954年12月，他被推荐为全国政协第二届委员， 1959年4月又连任第五届全国政协委员，以无党派知名人士身份，履行一名政协委员参政议政的神圣职能。

解放初期，他主动学习马列主义，自觉进行思想改造，多次写信给毛主席汇报自己的思想动态，毛主席也从百忙中抽时间回信给予他鼓励，他因此很受感动。晚年的李剑农对自己要求很严，时时处处用无产阶级思想约束自己，平时以节俭自持，不讲求个人享受，衣食住都很简朴。经常穿一身半新不旧的长衫，脚穿布鞋，冬天着一件布棉袍。在武汉大学，他不住条件优越的教授楼，却住着简陋的小石屋。1961年，领导看他年过八十，为他买了床鸭绒被，他坚辞不受。

1963年12月14日，因患动脉粥样硬化症，医治无效，这位充满了革命精神和斗志，一生孜孜不倦进行探索与研究的家乡先贤、史学前辈，现代国际史学大师李剑农先生，终于停下了他勤奋不辍的脚步，享年83岁。

几十年里，他一直孜孜不倦地从事史学研究，取得了巨大的学术成就，其中关于中国经济史方面的专著有《中国经济史稿》《先秦两汉经济史稿》《魏晋南北朝隋唐经济史稿》《宋元明经济史稿》《明清史讲稿》等，关于中国近代史的著作有《最近三十年中国政治史》。其中他的《最近三十年中国政治史》除先后多次在国内出版发行外，又被译成英文，在美国、印度等多个国家一版再版，被美国著名中国近代史专家费正清教授誉为“中国近代史”中的扛鼎之作。另一位学者林伯格则认为“李剑农的政治史对于中国问题专家来说是必不可少的书”，可见该书的学术价值。